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[学习讨论] 关于染色体可及性检测方法

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 楼主| 发表于 2024-1-5 01:50:41 手机版 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 LSPdaihao999 于 2024-1-8 00:13 编辑
- V5 D/ g9 e3 _1 i# U. {% e
" @& m# p' c1 \- |5 P- qChromatin accessibility profiling methods
4 k' z: Q+ v( h    染色质可及性是指染色质的物理压实程度。染色质是由DNA和主要由组蛋白、转录因子(transcription factors,TFs)、染色质修饰酶和染色质重塑复合物组成的复合物。虽然真核生物的基因组通常被封装在核小体中,核小体由约147bp的DNA包裹在组蛋白的八聚体上,但核小体在基因组中的占据情况并不均匀,并且在不同的组织和细胞类型中存在差异。核小体通常在代表顺式调控元素(增强子和启动子)和其他与转录调节器(如TFs)相互作用的位置被耗尽,导致可接触的染色质。
' s* I) l* j7 m. F1 q" }    在全基因组范围内对染色质可及性进行分析,是从细胞类型或细胞状态中推断调控元素的一个很好的工具。
1 o+ |" |7 M5 @  `8 y    染色质的翻译后化学修饰,包括DNA甲基化(在脊椎动物中)和组蛋白甲基化和乙酰化,是不同细胞状态之间的动态变化,类似于核小体定位。这些修饰改变了染色质的物理化学特性,这反过来又能影响转录凝集物( transcriptional condensates)的形成。此外,活性染色质重塑影响核小体占据;例如,SWI/SNF复合物利用ATP水解改变组蛋白DNA接触,从而重新定位或去除核小体。染色质可及性的最初变化是由TFs的结合引起的,TFs竞争组蛋白并招募辅助因子,包括ATP依赖的染色质重塑器,或者由TFs优先结合到它们在核糖体DNA中的识别序列上。这些被称为先锋因子( pioneer factors)的初始TFs的结合可以招募其他TFs共同结合并进一步稳定核糖体缺失区域,进一步促进对目标基因的基因表达的调节。
. |/ C3 O+ V0 T' p6 z0 v# L    DNase I仍然是TF足迹(TF footprinting)测定的首选试剂,由于TF本身对位点的保护,它可以确定TF结合位点的位置。
8 j& c) W4 v# L% [/ h& J 51d49cdc8ff897de4a7908804c6a6779.png ) K2 b* R- ^. E6 {(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
图1:批量和单细胞水平的染色质可及性分析显示了假定的调控区域。" C  J  b# V* L- J0 t0 Z7 i3 @(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
    a | 染色质的图谱表示,其中转录因子(TF)结合的增强子和基因的启动子被核糖体耗尽,从而可被访问。TFs用彩色的圆圈表示,箭头表示增强子到目标基因启动子的3D环。b | 包含三种不同细胞群的异质样本的大量和单细胞染色质可及性图谱。在进行单细胞染色质可及性分析时,稀疏的单细胞数据被用来对细胞进行聚类,通常随后对每个聚类的读数进行汇总,从而重新构建每个聚类或细胞类型的假性大体概况。
8 P( P0 b2 V9 \& y3 v/ P  x- J9 [2 P6 x2 y: z; L8 `(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
表1 :三种最常用的染色质可及性分析方法的比较
0 ?4 |- z& _* s8 V Screenshot_20240108_000246_cn.wiz.note_edit_1065676108470202.jpg Screenshot_20240108_000252_cn.wiz.note_edit_1065694336398845.jpg Screenshot_20240108_000257_cn.wiz.note_edit_1065711607992592.jpg

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参与人数 1软妹币 +255 收起 理由
navebayes + 255 cheese!!

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发表于 2024-1-8 00:18:04 | 显示全部楼层
基础50可读性50排版55内容75其他25总计255,希望下次可以看到更深刻和丰富的内容
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发表于 2024-1-5 09:45:31 手机版 | 显示全部楼层
是我的问题吗?怎么没看到图
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 楼主| 发表于 2024-1-5 11:55:11 手机版 | 显示全部楼层
7先生77 发表于 2024-1-5 09:450 t5 o) L) U% E(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
是我的问题吗?怎么没看到图

1 q' g. \2 e5 D: ]% l/ h6 R确实没有,不知道是不是复制出了啥问题,算了,看个大概吧
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发表于 2024-1-5 15:23:59 手机版 | 显示全部楼层
LSPdaihao999 发表于 2024-1-5 11:55
5 i/ ], O  l' V8 C# x2 l( |9 ~. R确实没有,不知道是不是复制出了啥问题,算了,看个大概吧

; x6 X( J; c. M1 r复制不带图片,要上传到附件然后添加进去
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发表于 2024-1-5 17:44:57 手机版 | 显示全部楼层
暂时不通过,请进行以下修改:1 K8 q. q  H0 l0 _. Z- E(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
补充缺失资料(图片等)
3 @9 Q9 H  ]9 L7 i% ]排版(太乱了)+ _2 y) |% Z2 r' h* l( f& o(欢迎访问老王论坛:laowang.vip)
完成后预计奖励:260
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发表于 2024-1-17 08:01:32 | 显示全部楼层
啥意思 看懵逼了
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